位于我国大陆海岸线最西南端的广西壮族自治区防城港市西南沿海地带，包括东起防城区江山乡白龙半岛，西至东兴市东兴镇罗浮江与北仑河汇集处的滩涂和部分海域,保护区于1985年建立县级红树林保护区，1990年晋升为省级海洋自然保护区，2000年4月经国务院批准晋升为国家级自然保护区，以红树林生态系为保护对象。2001年7月，加入中国人与生物圈（MAB）组织，2004年7月加入中国生物多样性保护基金会自然保护区委员会。
2004年3月成功申报UNEP（联合国规划署）/GEF（全球环境基金）/SCS（扭转南中国海和泰国湾环境退化趋势项目）“防城港国际红树林示范区”项目.保护区南濒北部湾，西与越南交界（北仑河为中越两国界河),保护区内有红树植物15种（其中真红树10种、半红树5种），主要红树植物种类有白骨壤、桐花树、秋茄、木榄、红海榄、海漆、老鼠勒、榄李、银叶树、阔包菊、卤蕨、水黄皮、黄槿、杨叶肖槿、海芒果等。
其他常见高等植物19种，大型底栖动物84种，鱼类27种，鸟类128种（属国家二级保护动物13种）。具有较高的生物多样性。保护区内的红树林有林面积12.60平方公里，主要的红树植物群落类型有白骨壤群落、桐花树群落、秋茄群落、木榄群落和老鼠勒群落等12种，其中老鼠勒群落分布面积较大为国内少见。此外，保护区核心区还发现有大面积珍稀海草—矮大叶藻。
保护区地理位置特殊，珍珠湾内生长着我国大陆海岸连片面积最大的红树林，，是候鸟迁飞的重要中继站。 
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